La Commission européenne n’a pas tenu compte de la motion de la commission juridique du Parlement européen qui lui demandait de présenter la directive « relative à la brevetabilité des inventions mises en œuvre par ordinateur » suivant les règles de procédure de première lecture. Sur proposition de l’exécutif bruxellois, le Conseil « Compétitivité » a adopté, le 7 mars 2005, sa position commune sur le texte qui avait fait l’objet d’un accord des Vingt-Cinq le 18 mai 2004. Il est désormais transmis au Parlement pour examen en deuxième lecture.
L’Espagne a voté contre le projet de la Commission, l’Autriche, la Belgique et l’Italie se sont abstenus. Certains Etats, qui se sont pourtant prononcés en faveur de ce projet, ont cependant émis quelques réserves dans des déclarations annexées à la position commune. Les Pays-Bas ont notamment déclaré qu’ils veilleront, lors de l’examen du document au Parlement, à ce que les règles de brevetabilité soient clarifiées et les formes indésirables d’octroi de brevets soient évitées. La Hongrie, Chypre ainsi que la Lettonie se sont inquiétés des incidences de cette directive sur les PME. Quant au Danemark, il a indiqué qu’il allait prêter attention, lors des prochaines négociations, aux garanties sur l’interopérabilité, au caractère technique des inventions brevetés et à l’exclusion de la brevetabilité des « logiciels purs » et des méthodes commerciales.